Nowe badanie wskazuje, że jenoty i cywety są prawdopodobnymi nosicielami tej choroby SARS-CoV-2 na targu w Huanan, potwierdzając teorię, że zakażone zwierzęta spowodowały COVID 19 pandemia. Odkrycia podkreślają potrzebę zrozumienia początków pandemii i zapobiegania przyszłym przenoszeniu się chorób odzwierzęcych.
W wyniku niedawnego ogólnoświatowego badania sporządzono listę dzikich zwierząt gatunek znalezione na rynku, uważane za źródło SARS-CoV-2, wirus która spowodowała pandemię COVID-19 pod koniec 2019 r. Badanie to opiera się na nowej analizie danych metatranskryptomicznych dostarczonej przez Chińskie Centrum Kontroli i Zapobiegania Chorobom (CDC).
Dane pochodzą z ponad 800 próbek pobranych na rynku hurtowym owoców morza w Huanan i w jego pobliżu od 1 stycznia 2020 r. oraz z genomów wirusów zgłoszonych od wczesnych pacjentów z Covid-19. Wyniki badania ukazały się w czasopiśmie 19 września Komórka.
„To jeden z najważniejszych zbiorów danych na temat pochodzenia pandemii COVID-19” – mówi współautorka Florence Débarre z francuskiego Narodowego Centrum Badań Naukowych (CNRS). „Jesteśmy niezwykle wdzięczni, że dane istnieją i zostały udostępnione”.
„Ten artykuł dodaje kolejny poziom do gromadzących się dowodów, które wszystkie wskazują na ten sam scenariusz: zakażone zwierzęta zostały wprowadzone na rynek w połowie lub pod koniec listopada 2019 r., co wywołało pandemię” – mówi współautor korespondent Kristian Andersen z Scripps Research .
„Przeanalizowaliśmy w nowy i rygorystyczny sposób niezwykle ważne dane zebrane przez chiński zespół CDC” – mówi współautor-korespondent Michael Worobey z Uniwersytetu w Arizonie. „To wiarygodna analiza tych danych i ich dopasowanie do reszty ogromnego materiału dowodowego, jaki posiadamy na temat początku pandemii”.
Badanie rynku na początku 2020 r
1 stycznia 2020 r., po usunięciu zwierząt i zaledwie kilka godzin po zamknięciu rynku, śledczy z chińskiego CDC udali się na rynek, aby pobrać próbki. Przecierali podłogi, ściany i inne powierzchnie straganów; wrócili kilka dni później, aby skupić się na powierzchniach na straganach sprzedających dziką przyrodę, takich jak klatki i wózki używane do przewożenia zwierząt, a następnie pobrali również próbki ze ścieków i ścieków.
Przeprowadzili sekwencjonowanie metatranskryptomiczne próbek, technikę mającą na celu uzyskanie całości RNA sekwencje (i które mogą odebrać DNA również) ze wszystkich organizmów obecnych w próbkach – wirusów, bakterii, roślin, zwierząt, ludzi. Chiński zespół CDC pod przewodnictwem Liu Juna opublikował w czasopiśmie swoje dane i wyniki za 2023 rok Natura. Jednak w artykule pozostawiono nierozstrzygniętą dokładną tożsamość gatunków zwierząt znalezionych w danych, które mogłyby reprezentować prawdopodobnych żywicieli pośrednich. Chińskie CDC udostępniło swoje dane sekwencjonowania w publicznych i otwartych repozytoriach.
Jak wynika z najnowszej analizy tych danych opublikowanej w KomórkaSARS-CoV-2 był obecny na niektórych z tych samych straganów, co dzikie zwierzęta sprzedawane na rynku, w tym jenoty (małe zwierzęta podobne do lisów z oznaczeniami podobnymi do szopów) i cywety (małe mięsożerne ssaki spokrewnione z mangustami i hienami). W niektórych przypadkach w tych samych wymazach znaleziono nawet materiał genetyczny wirusa SARS-CoV-2 i tych zwierząt. Dokładne gatunki zwierząt zidentyfikowano poprzez genotypowanie ich genomów mitochondrialnych w próbkach.
„Wiele kluczowych gatunków zwierząt zostało usuniętych przed przybyciem chińskich zespołów CDC, więc nie możemy mieć bezpośredniego dowodu na zakażenie zwierząt” – mówi Débarre. „Widzimy duchy DNA i RNA tych zwierząt w próbkach środowiskowych, a niektóre znajdują się w boksach, w których również wykryto SARS-CoV-2. Tego można się spodziewać w scenariuszu, w którym na rynku znajdują się zakażone zwierzęta”.
„Są to te same zwierzęta, o których wiemy, że w 2002 r. pierwotny koronawirus SARS przedostał się na ludzi” – dodaje Worobey. „To najbardziej ryzykowna rzecz, jaką możemy zrobić — zabrać dzikie zwierzęta pełne wirusów, a następnie igrać z ogniem, kontaktując je z ludźmi żyjącymi w sercach dużych miast, których gęstość zaludnienia ułatwia tym wirusom przenoszenie się trzymać.”
Analiza ewolucyjna i skutki uboczne rynku
Międzynarodowy zespół przeprowadził także analizę ewolucyjną najwcześniejszych genomów wirusowych zgłoszonych podczas pandemii, w tym sekwencji środowiskowych, i wywnioskował najbardziej prawdopodobne genotypy progenitorowe wirusa, który zainfekował ludzi i doprowadził do pandemii Covid-19. Wyniki sugerują, że przed wybuchem rynku liczba osób zakażonych była bardzo niewielka, jeśli w ogóle w ogóle. Jest to zgodne z przenoszeniem się zanieczyszczeń ze zwierząt na ludzi na rynku. Mogły również wystąpić skutki uboczne o ograniczonym wpływie na bezpośredni handel zwierzętami na wyższym szczeblu łańcucha dostaw.
„W tym artykule pokazujemy, że sekwencje powiązane z rynkiem są zgodne z pojawieniem się rynku” – mówi Débarre. „Główna różnorodność SARS-CoV-2 była obecna na rynku od samego początku.”
W nowym badaniu uwzględniono krótką listę gatunków zwierząt dostępnych na mokrym rynku, w przypadku których stwierdzono współwystępujące lub bliskie próbki wirusów, które mogą reprezentować najbardziej prawdopodobnych żywicieli pośrednich SARS-CoV-2. Stwierdzono, że jenot, gatunek podatny na SARS-CoV-2, który był nosicielem SARS-CoV w 2003 r., jest zwierzęciem najobficiej występującym genetycznie w próbkach pobranych na straganach z dziką fauną i florą. W oborze z RNA SARS-CoV-2 znaleziono także materiał genetyczny cywety palmowej zamaskowanej, który również powiązano z wcześniejszą epidemią SARS-CoV. W próbkach pozytywnych pod względem SARS-CoV-2, a także wielu innych gatunków, stwierdzono również obecność innych gatunków, takich jak siwy szczur bambusowy i jeżozwierz malajski.
Chociaż dane nie mogą wykazać, czy jedno lub więcej z tych zwierząt mogło zostać zakażonych, analizy zespołu dostarczają jasnej listy gatunków, które najprawdopodobniej mogły być nosicielami wirusa, oraz informacji genetycznych, które można wykorzystać do ustalenia miejsca jego pochodzenia.
Badacze podkreślają znaczenie zrozumienia początków pandemii Covid-19, zwłaszcza w świetle innych niedawnych skutków ubocznych, takich jak rozprzestrzenianie się wirusów ptasiej grypy u bydła w Stanach Zjednoczonych. „Pojawiło się wiele dezinformacji i dezinformacji na temat pochodzenia SARS-CoV-2” – mówi Worobey. „Powodem, dla którego tak ważne jest, aby się dowiedzieć, jest to, że ma to wpływ na bezpieczeństwo narodowe i zdrowie publiczne, nie tylko w Stanach Zjednoczonych, ale na całym świecie. Prawda jest taka, że odkąd pandemia wybuchła ponad cztery lata temu, mimo że położono większy nacisk na bezpieczeństwo w laboratoriach, niewiele zrobiono, aby zmniejszyć ryzyko ponownego wystąpienia takiego scenariusza odzwierzęcego”.
Odniesienie: „Genetyczne śledzenie dzikich zwierząt i wirusów na rynku w epicentrum pandemii COVID-19” autorstwa Alexandra Crits-Christopha, Joshuy I. Levy’ego, Jonathana E. Pekara, Stephena A. Goldsteina, Reemy Singha, Zacha Hensela, Karthika Gangavarapu, Matthew B. Rogers, Niema Moshiri, Robert F. Garry, Edward C. Holmes, Marion PG Koopmans, Philippe Lemey, Thomas P. Peacock, Saskia Popescu, Andrew Rambaut, David L. Robertson, Marc A. Suchard, Joel O. Wertheim , Angela L. Rasmussen, Kristian G. Andersen, Michael Worobey i Florence Débarre, 19 września 2024 r., Komórka.
DOI: 10.1016/j.cell.2024.08.010
